首先恭喜题主。
1，如果楼主想走学术路线，并且不差钱的话，建议ETH。虽然另外两所学校也是很不错的学校，但是比起ETH，学术实力和声誉都还是有一定距离的.(ETH Environmental Science #3 in QS, EPFL #51~100 NUS #14) 如果在ETH读Master 1.5y+PhD 3.5y，出来不论是做Researcher还是高校，都是很好的。当然如果楼主差钱的话，那就去NUS吧。
2，如果以后想回国，那也建议去ETH，没什么别的原因，就是名气大。
3，如果想转专业的话（正如楼主所说可以修管理，CS之类的课程）就去EPFL吧。正如楼主所说，EPFL是唯一提供这个机会的，而且EPFL的IC学院还是比较强势的。当然，在瑞士本国一般用人单位不会区别EPFL和ETH，但是去别的国家可就不一定了。如果楼主以后想找工作的话，瑞士德语区加上德国的发展前景是好于法语区加法国的。但是，无论是环境工程还是环境科学找工作均非易事。